深圳绿牌和广州绿牌都是国家推广的新能源汽车专属号牌，具有相同的优惠政策和使用权益，包括免交车辆购置税、免费停车、免费充电等。因此，在这些方面，两者没有本质上的区别。然而，考虑到两地的气候和地理环境，深圳的天气相对较为温暖湿润，而广州的气候炎热潮湿，因此使用电动车在深圳的体验可能会更加舒适。

同时，深圳的城市交通拥堵程度相对较高，内部路网建设也较为完善，这可能使得在深圳使用新能源汽车更为便捷。因此，总体而言，在选择哪个城市的绿牌更好时，应考虑个人所在地区的具体情况。