国家自然基金可以知道本子给谁了。

因为每次提交申请时，都需要填写项目负责人的基本信息和银行账户等相关信息，国家自然基金会对这些信息进行核实和审核，确保款项发放到正确的账户上。

此外，申请人还需要提交逐级审批的文件和证明材料，这些材料也能在一定程度上反映项目负责人的身份和资格。

在项目开展期间，国家自然基金还会对项目进展情况进行监督和检查，确保资金使用合规。

因此，国家自然基金能够知道本子给谁了，而且能够保障项目资金的安全合规使用。