在这种情况下，你可以考虑以下几种方法来改造卧室上方的厕所：

1. 重新规划空间：将厕所重新布置，尽可能将厕所的管道重新整理，以使空间利用更为合理。

2. 增加隔音措施：考虑在墙壁和地板上增加隔音材料，以减少卧室中传来的噪音。

3. 增加通风系统：确保厕所有足够的通风系统，避免异味和湿气传入卧室。

4. 考虑移动厕所位置：如果可能的话，考虑将厕所移动到其他位置，以避免在卧室上方。

无论何种方法，建议请专业装修师傅或设计师提供建议和帮助。