一次性扣12分满三年的计算方法是从发生违规的日期开始，计算12分扣分满三年即可。例如，如果一次性违规扣了12分的日期是2018年1月1日，那么该违规记录需要维持满三年，即到2021年1月1日。

只有在这三年内没有再次违规并成功通过相关考试，才能够将扣分记录清除，否则将会继续计算满三年。因此，驾驶员需要严格遵守交通规则，把握好自己的扣分记录，避免违规操作带来的不必要麻烦。