有两个区别。

一是，概念不同。年底13薪，是工资，在年底发第13个月工资。合同补偿金，是按照合同规定的内容补偿款。

二是，发放的时间不同。年底13薪是在年底或年初发放。合同补偿金是在合同履行完后即付。