不会

灵活就业人员医保断交三个月个人账户里面的月是不会清零的,但是缴费年限会清零。只是医保断缴三个月会无法享受医保待遇,医保断缴下个月就不能享受医保保障了,断缴三个月后再续缴的,会有一个等待期,等待期过后才可以享受医保待遇。