不会的。

城乡居民医保不会自动扣费，需要居民各人主动缴纳。

如果在单位参加了社保保险，那就已经包含了医疗保险的，居民医保就不用缴费了，在系统上也交不上去。所以不用担心居民医保会自动扣费。

单位缴纳社会保险是法定义务，如果单位不为员工办理的话，可以去社保卡投诉的。