申请中转巴厘岛过境签证的流程包括：

1.准备所需材料，包括护照、航班预订信息和签证申请表等；

2.在线填写电子签证申请表并缴纳相关费用；

3.等待签证批准并打印签证通知书；

4.在巴厘岛机场出示签证通知书和护照进行过境。注意，在办理过程中，需要仔细阅读并遵守相关规定和要求，以确保申请成功并顺利通过过境。