选择MBR还是GUID分区方式对于X99主板来说，主要取决于你的具体需求和使用的操作系统。

MBR（Master Boot Record）是传统的分区方式，它适用于Windows 7及以下版本的操作系统。它的优点在于兼容性较好，可以支持各种操作系统和硬件设备。然而，MBR对分区容量有限制，最大支持的分区容量为2TB，且最多只能支持4个主分区。这意味着如果你的硬盘容量超过2TB，或者你需要创建更多的分区，MBR可能无法满足你的需求。

相比之下，GUID（Globally Unique Identifier）是一种较新的分区方式，它主要用于Windows 8及更高版本的操作系统。GUID分区表可以支持更多的分区，并且理论上没有容量限制，最大可以达到18EB。这使得GUID分区方式成为处理大型存储和高级服务器系统的首选。此外，GUID分区方式还提供了更好的兼容性和灵活性，可以同时支持不同操作系统和多重引导。在安全性方面，GUID分区方式自带备份，当磁盘出现损坏时，它还能通过备份启动，而MBR则可能直接无法启动。

因此，如果你的X99主板主要用于运行Windows 8或更高版本的操作系统，且你的硬盘容量较大或需要创建多个分区，那么GUID分区方式可能更适合你。反之，如果你主要使用Windows 7或更早版本的操作系统，且硬盘容量不超过2TB，那么MBR分区方式可能更合适。

总的来说，选择MBR还是GUID取决于你的具体需求和使用的操作系统。在做出选择时，请务必考虑你的硬盘容量、分区需求以及操作系统的兼容性。