万柳书院是于明朝嘉靖年间（1522年-1566年）盖的。

因为据历史记载，万柳书院最早的刻着“万草汇”字样的石碑记载的年代是嘉靖三十四年（1555年），同时在这个年份之前这里就已经是一所“草堂”了。

万柳书院建成之后，是一所儒家学堂，曾经辟为高等教育的京师大学堂。

后来还曾经是中国近代史上著名的“京师大学堂辟书院之一”，是中国历史上具有重要意义的学府之一。