这可能是因为抵扣数据没有及时更新导致的。

抵扣数据是指可以用于抵扣企业税务负担的相关税收收入和进项，一般由税务机关负责更新。

如果抵扣数据没有及时更新或者因为某些原因未能及时反映在企业的税务申报系统中，就有可能导致申报时抵扣数据缺失。

需要及时联系税务机关进行咨询和解决。

同时，企业也应该主动关注抵扣数据变动情况，并及时更新到自己的税务申报系统中，以避免类似问题的发生。