1、 云南省行政辖区的住房补贴实施时间是1999年1月1日。也是市（县）的实施时间。政策依据如下：

①、《国务院关于进一步深化城镇住房制度改革加快住房建设的通知》国发(1998)23号

第（四）条“1998年下半年开始停止住房实物分配，逐步实行住房分配货币化，具体时间、步骤由各省、自治区、直辖市人民政府根据本地实际确定”。

第（六）条“住房补贴的具体办法，由市（县）人民政府根据本地实际情况制订，报省、自治区、直辖市人民政府批准后执行”。

②、《云南省人民政府关于印发云南省机关事业单位职工住房补贴暂行办法的通知》（云政发〔1999〕154号 一九九九年八月十三日）

第四条“本办法适用于云南省行政辖区内的国家机关和财政全额补助的事业单位”。

第三十三条 “本办法自一九九九年一月一日起执行”。

2、住房补贴的具体办法，由市（县）人民政府根据本地实际情况制订

《国务院关于进一步深化城镇住房制度改革加快住房建设的通知》国发(1998)23号

第（六）条：“停止住房实物分配后，房价收入比（即本地区一套建筑面积为60平方米的经济适用住房的平均价格与双职工家庭年平均工资之比）在4倍以上，且财政、单位原有住房建设资金可转化为住房补贴的地区，可以对无房和住房面积未达到规定标准的职工实行住房补贴。住房补贴的具体办法，由市（县）人民政府根据本地实际情况制订，报省、自治区、直辖市人民政府批准后执行。”

所以，批准的是“住房补贴的具体办法”。