《神雕侠侣》的主线剧情围绕着南宋末年的江湖世界展开，主要讲述了杨康之子杨过与其师父小龙女之间的一段凄美爱情故事。

杨过原本是个市井小混混，母亲去世后，他意外结识了郭靖和黄蓉夫妇，并跟随他们前往桃花岛。然而，他在黄蓉和郭靖的照顾下过得并不如意，尤其是与郭芙的关系紧张。后来，杨过被郭靖送去全真教习武，却在那里受到严苛的折磨，最终他叛离全真教，误入古墓派，被小龙女收留并传授武功。

在与小龙女相处的日子里，两人逐渐产生了深厚的感情。然而，他们的师徒之恋在武林中引起了轩然大波，他们的恋情开始受到阻挠，经历了种种考验。期间，他们一起经历了武林大会、襄阳鏖兵、绝情幽谷等险境，还有长达十六年的生离死别。

最终，杨过在绝情谷底找到了大难不死的小龙女，两人重逢并决定共度余生。此时，蒙古大军正猛攻襄阳，杨过在关键时刻挺身而出，击败了金轮法王，并用飞石击毙了蒙古皇帝蒙哥，为襄阳保卫战的胜利立下首功。战后，杨过与小龙女告别郭靖等人，带着神雕，悠然远去。

在这个过程中，杨过不仅冲破了封建礼教的禁锢，与小龙女由师徒变为“侠侣”，还消除了对郭靖、黄蓉夫妇的误会，在家仇与国难间作出了抉择，成为真正的“侠之大者”。

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