神秘博士亚当被博士驱逐的原因是因为他违反了博士的规定，将外星技术带入了博士的TARDIS中。虽然博士原本对亚当充满好感，但他非常清楚外星技术的危险性，认为亚当的行为会带来灾难性后果，在无奈之下，他只能驱逐亚当，以保护时间和空间的稳定和平衡。

虽然这个决定可能对博士和亚当之间的关系造成一定的影响，但在博士眼中，稳定和平衡才是最重要的。