南京市的灵活就业交费方式主要分为两种，分别是税务部门代扣代缴和自行缴纳。
1.税务部门代扣代缴
税务部门代扣代缴是指，灵活就业人员的雇主在支付工资的同时，代扣代缴个人所得税、社会保险费、住房公积金等相关费用。这种方式可以省去灵活就业人员自行缴纳的麻烦，同时也能够确保相关费用的及时缴纳。需要注意的是，税务部门代扣代缴只适用于在南京市范围内的灵活就业人员。
2.自行缴纳
自行缴纳是指，灵活就业人员需要自己缴纳个人所得税、社会保险费、住房公积金等相关费用。灵活就业人员可以通过银行转账、支付宝等方式进行缴纳。需要注意的是，自行缴纳需要按照规定的时间和标准进行缴纳，否则会产生滞纳金等相关费用。